بدأ العمل بدائرة الجوازات والهجرة بالفجيرة في منزلاً للايجار على شارع الشيخ حمد بن عبدالله، حيث كانت البداية بتقديم خدماتها للموطنين فقط باستلام طلبات الحصول على الجنسية وجوازات السفر وكان عدد الموظفين بسيط لا يتعدى 20 موظف فقط.
وكان أول مدير بلال الصايغ، ثم بدأت المرحلة الثانية باستلام طلبات التاشيرات والإقامات من المراجعين وإرسالها إلى إدارة دبي، حيث يتم اصدارها وفي عام 1978 تم تحويل الموظفين من الصفة المدنية الى الصفة العسكرية وإعطائهم الرتب العسكرية.
وفي بداية الثمانينات (عام 1980 تقريباً) تم الانتقال إلى المبنى الحالي، وبعد حوالي سنتين بدأت الإدارة باصدار التاشيرات وجوازات السفر للموطنين بالإدارة نفسها بدلاً من ارسالها إلى دبي، واستمر الوضع حتى يومنا هذا.
