تهدف إلى تطوير واستغلال الموارد الطبيعية في إمارة الفجيرة لضمان استدامتها، وتوفير بيئة سليمة تلبي احتياجات وتوقعات المجتمع، وتملك حق القيام بجميع التصرفات القانونية بما في ذلك تملك الأموال المنقولة وإبرام العقود والاتفاقيات وقبول الهبات والتبرعات.
تعمل المؤسسة على تنظيم الأعمال المتعلقة بالرخص والحقوق والاتفاقيات والامتيازات الخاصة بالصخور والمعادن، لتسهيل إجراءات إقامة المشاريع اللازمة، كما تعمل على مراقبة كافة النشاطات وتقييم الأثر البيئي لضمان حماية المستهلك والسلامة العامة والبيئة فيما يتعلق بجميع عمليات التعدين، بما يتطابق مع القوانين والأنظمة والأصول الفنية بالدولة.
كما تتولى جميع مهام إعداد السياسة العامة لاستغلال الموارد الطبيعية وفقاً لمتطلبات برنامج التنمية الاقتصادية والاجتماعية في الإمارة، كما تقوم بإجراء البحوث والدراسات والمسوحات الجيولوجية المختلفة، والمسح والتنقيب والاستكشاف والاستغلال الأمثل للموارد الطبيعية داخل الحدود الإقليمية للإمارة والمنطقة الاقتصادية المتاخمة لها.